مطالعه شبکه‌های غذایی و پویایی آن‌ها برای فهمیدن اینکه چگونه عادات تغذیه‌ای در گونه‌های متفاوت می‌تواند بر جوامع آن‌ها تأثیر گذار باشد، بسیار مهم است. در مواقعی که ما برای مطالعه رژیم غذایی با جانوران در خطر انقراض، منزوی و کمیاب روبرو می‌شویم مطالعه بوم‌شناسی تغذیه سخت‌تر می‌گردد. بارکدگذاری DNA این امکان را به وجود می‌آورد تا بتوان رژیم غذایی یک گونه را از روی مدفوع، ریمه، پلت و یا محتویات معده آن تعیین کرد. برای جانوران ناحیه پیشنهادی استاندارد شده DNA شامل 658 جفت باز، ناحیه‌ای در ژن رمز‌گذار CO1 (سیتو کروم اکسیداز 1) میتوکندریایی است، و ناحیه trnL برای مطالعه رژیم غذایی جانوران علف‌خوار به عنوان ناحیه مناسب پیشنهاد شده است. روش‌های توالی‌یابی نیز همراه با مطالعات مولکولی پیشرفت کردند و در حال حاضر تکنیک توالی‌یابی نسل آینده مناسب‌ترین تکنیک توالی‌یابی DNA گونه-های طعمه و طعمه‌خوار هدف می‌باشد. با این وجود تجزیه و تحلیلهای مولکولی مدفوع‌‌ها نیز دارای کاستی‌هایی می‌باشد، به طوری‌که DNA مدفوع می‌تواند دارای کمیت و کیفیت پایینی باشد و تخریب نمونه مدفوع نیز می‌تواند مشکلی در مطالعه رژیم غذایی با استفاده از این رویکرد به حساب آید. به همین دلیل در مطالعات اخیر از روش‌های ترکیبی جهت افزایش دقت تعیین رژیم غذایی استفاده شده است. در مجموع تعیین رژیم غذایی با استفاده از بارکدگذاری DNA و روش‌های ترکیبی می‌تواند زمینه تجزیه و تحلیلهای صحیح از رژیم غذایی، حل مشکلات مهره-داران نزدیک احشام و زیستگاه‌های انسانی، کمک به طراحی پناهگاه‌های حیات‌وحش و کریدورهای بین آن‌ها را فراهم نماید.
)